Porządkując pliki publikacji możemy wykorzystywać trzy mechanizmy. Pierwszym z nich jest usuwanie wersji pliku. Usunięcie wersji pliku możliwe jest wtedy gdy dana wersja nie jest jedyną wersją pliku oraz gdy nie należy ona do żadnego wydania. Drugim mechanizmem jest usuwanie pliku. Plik można usunąć gdy żadna z jego wersji nie należy do żadnego wydania. Trzecim mechanizmem jest automatyczne usuwanie zbędnych plików publikacji. Zbędne pliki publikacji to wersje plików oraz pliki, które można usunąć. Aby usunąć zbędne pliki publikacji należy wybrać opcję Usuń zbędne pliki... z menu kontekstowego elementu Pliki publikacji (widoczny po otworzeniu publikacji, tylko w trybie zaawansowanym).